Network intuition

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.23.6%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22medium%22%2C%20app_title%3D%22Network%20intuition%22)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20imports()%3A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%20%20%20%20import%20numpy%20as%20np%0A%20%20%20%20import%20pandas%20as%20pd%0A%20%20%20%20import%20matplotlib%0A%20%20%20%20import%20matplotlib.pyplot%20as%20plt%0A%20%20%20%20import%20igraph%20as%20ig%0A%20%20%20%20import%20io%0A%20%20%20%20import%20random%20as%20rnd_mod%0A%0A%20%20%20%20matplotlib.rcParams.update(%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22figure.facecolor%22%3A%20%22white%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22axes.facecolor%22%3A%20%22white%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22axes.edgecolor%22%3A%20%22%23444444%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22axes.labelcolor%22%3A%20%22%23333333%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22text.color%22%3A%20%22%23333333%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22xtick.color%22%3A%20%22%23333333%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22ytick.color%22%3A%20%22%23333333%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22font.size%22%3A%2012%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22axes.titlesize%22%3A%2013%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22axes.labelsize%22%3A%2012%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22figure.dpi%22%3A%20130%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22axes.grid%22%3A%20True%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22grid.alpha%22%3A%200.25%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22grid.color%22%3A%20%22%23cccccc%22%2C%0A%20%20%20%20%7D)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Categorical%20palette%20for%20community%20%2F%20attribute%20colouring%20(up%20to%2012%20classes).%0A%20%20%20%20PALETTE%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%230b789d%22%2C%20%22%23e07b00%22%2C%20%22%237a9e3b%22%2C%20%22%23b04a6f%22%2C%20%22%235e548e%22%2C%20%22%23c9a227%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%233aa6a0%22%2C%20%22%239a4f86%22%2C%20%22%23d1495b%22%2C%20%22%233a7d44%22%2C%20%22%232b6cb0%22%2C%20%22%238c6b3f%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20ACCENT%20%3D%20%22%230b789d%22%0A%20%20%20%20NEUTRAL_NODE%20%3D%20%22%230b789d%22%0A%20%20%20%20%23%20Light%20grey%20used%20for%20edges%20in%20every%20section.%20NOTE%3A%20igraph's%20matplotlib%0A%20%20%20%20%23%20backend%20silently%20drops%20the%20alpha%20channel%20of%20an%20RGBA%20tuple%2C%20so%20use%20a%0A%20%20%20%20%23%20hex%20string.%20Slightly%20darker%20than%20day3b's%20%22%23bbbbbb%22%20for%20a%20bit%20more%0A%20%20%20%20%23%20contrast%20on%20the%20white%20background.%0A%20%20%20%20EDGE_COLOR%20%3D%20%22%23aaaaaa%22%0A%0A%20%20%20%20%23%20Hard%20cap%20for%20WASM%20(Pyodide).%20Beyond%20~500%20nodes%20the%20browser%20slows%20on%0A%20%20%20%20%23%20every%20slider%20tick%20because%20matplotlib%20%2B%20ig.plot%20is%20the%20dominant%20cost.%0A%20%20%20%20MAX_NODES%20%3D%20500%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ACCENT%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20EDGE_COLOR%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20MAX_NODES%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20NEUTRAL_NODE%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PALETTE%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ig%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20io%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20np%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pd%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plt%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rnd_mod%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20network_catalogue(ig)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Florentine%20families%20(Padgett%201994)%20%E2%80%94%20built%20from%20the%20canonical%20edge%20list.%0A%20%20%20%20_flor_names%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22ACCIAIUOL%22%2C%20%22ALBIZZI%22%2C%20%22BARBADORI%22%2C%20%22BISCHERI%22%2C%20%22CASTELLAN%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22GINORI%22%2C%20%22GUADAGNI%22%2C%20%22LAMBERTES%22%2C%20%22MEDICI%22%2C%20%22PAZZI%22%2C%20%22PERUZZI%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22PUCCI%22%2C%20%22RIDOLFI%22%2C%20%22SALVIATI%22%2C%20%22STROZZI%22%2C%20%22TORNABUON%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_flor_edges%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(0%2C%208)%2C%20(1%2C%205)%2C%20(1%2C%206)%2C%20(1%2C%208)%2C%20(2%2C%204)%2C%20(2%2C%205)%2C%20(2%2C%208)%2C%20(2%2C%2010)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(3%2C%206)%2C%20(3%2C%207)%2C%20(3%2C%2010)%2C%20(3%2C%2014)%2C%20(4%2C%207)%2C%20(4%2C%2010)%2C%20(4%2C%2014)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(5%2C%208)%2C%20(6%2C%207)%2C%20(6%2C%2015)%2C%20(7%2C%2010)%2C%20(8%2C%209)%2C%20(8%2C%2012)%2C%20(8%2C%2013)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(8%2C%2015)%2C%20(9%2C%2013)%2C%20(10%2C%2014)%2C%20(12%2C%2014)%2C%20(12%2C%2015)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Zachary%20karate%20factions%20(Zachary%201977).%0A%20%20%20%20_zachary_factions%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%200%2C%200%2C%200%2C%200%2C%200%2C%200%2C%200%2C%200%2C%201%2C%201%2C%200%2C%200%2C%200%2C%200%2C%201%2C%201%2C%200%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%200%2C%201%2C%200%2C%201%2C%200%2C%201%2C%201%2C%201%2C%201%2C%201%2C%201%2C%201%2C%201%2C%201%2C%201%2C%201%2C%201%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20US%20college%20football%20network%20(Girvan%20%26%20Newman%202002)%20%E2%80%94%20115%20teams%2C%0A%20%20%20%20%23%20613%20games%2C%2012%20conferences.%20Inlined%20so%20the%20app%20needs%20no%20data%20files.%0A%20%20%20%20FOOTBALL_NAMES%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22BrighamYoung%22%2C%20%22FloridaState%22%2C%20%22Iowa%22%2C%20%22KansasState%22%2C%20%22NewMexico%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22TexasTech%22%2C%20%22PennState%22%2C%20%22SouthernCalifornia%22%2C%20%22ArizonaState%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22SanDiegoState%22%2C%20%22Baylor%22%2C%20%22NorthTexas%22%2C%20%22NorthernIllinois%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Northwestern%22%2C%20%22WesternMichigan%22%2C%20%22Wisconsin%22%2C%20%22Wyoming%22%2C%20%22Auburn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Akron%22%2C%20%22VirginiaTech%22%2C%20%22Alabama%22%2C%20%22UCLA%22%2C%20%22Arizona%22%2C%20%22Utah%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22ArkansasState%22%2C%20%22NorthCarolinaState%22%2C%20%22BallState%22%2C%20%22Florida%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22BoiseState%22%2C%20%22BostonCollege%22%2C%20%22WestVirginia%22%2C%20%22BowlingGreenState%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Michigan%22%2C%20%22Virginia%22%2C%20%22Buffalo%22%2C%20%22Syracuse%22%2C%20%22CentralFlorida%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22GeorgiaTech%22%2C%20%22CentralMichigan%22%2C%20%22Purdue%22%2C%20%22Colorado%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22ColoradoState%22%2C%20%22Connecticut%22%2C%20%22EasternMichigan%22%2C%20%22EastCarolina%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Duke%22%2C%20%22FresnoState%22%2C%20%22OhioState%22%2C%20%22Houston%22%2C%20%22Rice%22%2C%20%22Idaho%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Washington%22%2C%20%22Kansas%22%2C%20%22SouthernMethodist%22%2C%20%22Kent%22%2C%20%22Pittsburgh%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Kentucky%22%2C%20%22Louisville%22%2C%20%22LouisianaTech%22%2C%20%22LouisianaMonroe%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Minnesota%22%2C%20%22MiamiOhio%22%2C%20%22Vanderbilt%22%2C%20%22MiddleTennesseeState%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Illinois%22%2C%20%22MississippiState%22%2C%20%22Memphis%22%2C%20%22Nevada%22%2C%20%22Oregon%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22NewMexicoState%22%2C%20%22SouthCarolina%22%2C%20%22Ohio%22%2C%20%22IowaState%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22SanJoseState%22%2C%20%22Nebraska%22%2C%20%22SouthernMississippi%22%2C%20%22Tennessee%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Stanford%22%2C%20%22WashingtonState%22%2C%20%22Temple%22%2C%20%22Navy%22%2C%20%22TexasA%26M%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22NotreDame%22%2C%20%22TexasElPaso%22%2C%20%22Oklahoma%22%2C%20%22Toledo%22%2C%20%22Tulane%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Mississippi%22%2C%20%22Tulsa%22%2C%20%22NorthCarolina%22%2C%20%22UtahState%22%2C%20%22Army%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Cincinnati%22%2C%20%22AirForce%22%2C%20%22Rutgers%22%2C%20%22Georgia%22%2C%20%22LouisianaState%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22LouisianaLafayette%22%2C%20%22Texas%22%2C%20%22Marshall%22%2C%20%22MichiganState%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22MiamiFlorida%22%2C%20%22Missouri%22%2C%20%22Clemson%22%2C%20%22NevadaLasVegas%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22WakeForest%22%2C%20%22Indiana%22%2C%20%22OklahomaState%22%2C%20%22OregonState%22%2C%20%22Maryland%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22TexasChristian%22%2C%20%22California%22%2C%20%22AlabamaBirmingham%22%2C%20%22Arkansas%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Hawaii%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20FOOTBALL_CONF%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%207%2C%200%2C%202%2C%203%2C%207%2C%203%2C%202%2C%208%2C%208%2C%207%2C%203%2C%2010%2C%206%2C%202%2C%206%2C%202%2C%207%2C%209%2C%206%2C%201%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%209%2C%208%2C%208%2C%207%2C%2010%2C%200%2C%206%2C%209%2C%2011%2C%201%2C%201%2C%206%2C%202%2C%200%2C%206%2C%201%2C%205%2C%200%2C%206%2C%202%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%203%2C%207%2C%205%2C%206%2C%204%2C%200%2C%2011%2C%202%2C%204%2C%2011%2C%2010%2C%208%2C%203%2C%2011%2C%206%2C%201%2C%209%2C%204%2C%2011%2C%2010%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%202%2C%206%2C%209%2C%2010%2C%202%2C%209%2C%204%2C%2011%2C%208%2C%2010%2C%209%2C%206%2C%203%2C%2011%2C%203%2C%204%2C%209%2C%208%2C%208%2C%201%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%205%2C%203%2C%205%2C%2011%2C%203%2C%206%2C%204%2C%209%2C%2011%2C%200%2C%205%2C%204%2C%204%2C%207%2C%201%2C%209%2C%209%2C%2010%2C%203%2C%206%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%202%2C%201%2C%203%2C%200%2C%207%2C%200%2C%202%2C%203%2C%208%2C%200%2C%204%2C%208%2C%204%2C%209%2C%2011%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20CONFERENCE_NAMES%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Atlantic%20Coast%22%2C%20%22Big%20East%22%2C%20%22Big%20Ten%22%2C%20%22Big%20Twelve%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Conference%20USA%22%2C%20%22Independents%22%2C%20%22Mid-American%22%2C%20%22Mountain%20West%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Pacific%20Ten%22%2C%20%22Southeastern%22%2C%20%22Sun%20Belt%22%2C%20%22Western%20Athletic%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20FOOTBALL_EDGES%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(0%2C%201)%2C%20(0%2C%204)%2C%20(0%2C%209)%2C%20(0%2C%2016)%2C%20(0%2C%2023)%2C%20(0%2C%2033)%2C%20(0%2C%2035)%2C%20(0%2C%2041)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(0%2C%2065)%2C%20(0%2C%2090)%2C%20(0%2C%2093)%2C%20(0%2C%20104)%2C%20(1%2C%2025)%2C%20(1%2C%2027)%2C%20(1%2C%2033)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(1%2C%2037)%2C%20(1%2C%2045)%2C%20(1%2C%2057)%2C%20(1%2C%2089)%2C%20(1%2C%20101)%2C%20(1%2C%20103)%2C%20(1%2C%20105)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(1%2C%20109)%2C%20(2%2C%203)%2C%20(2%2C%206)%2C%20(2%2C%2013)%2C%20(2%2C%2014)%2C%20(2%2C%2015)%2C%20(2%2C%2047)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(2%2C%2060)%2C%20(2%2C%2064)%2C%20(2%2C%2072)%2C%20(2%2C%2074)%2C%20(2%2C%20100)%2C%20(2%2C%20106)%2C%20(3%2C%205)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(3%2C%2011)%2C%20(3%2C%2026)%2C%20(3%2C%2040)%2C%20(3%2C%2052)%2C%20(3%2C%2058)%2C%20(3%2C%2072)%2C%20(3%2C%2074)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(3%2C%2081)%2C%20(3%2C%2084)%2C%20(3%2C%20102)%2C%20(4%2C%205)%2C%20(4%2C%209)%2C%20(4%2C%2016)%2C%20(4%2C%2023)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(4%2C%2028)%2C%20(4%2C%2041)%2C%20(4%2C%2069)%2C%20(4%2C%2093)%2C%20(4%2C%20104)%2C%20(4%2C%20108)%2C%20(5%2C%2010)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(5%2C%2011)%2C%20(5%2C%2052)%2C%20(5%2C%2074)%2C%20(5%2C%2081)%2C%20(5%2C%2084)%2C%20(5%2C%2090)%2C%20(5%2C%2097)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(5%2C%2098)%2C%20(5%2C%20107)%2C%20(6%2C%207)%2C%20(6%2C%2032)%2C%20(6%2C%2039)%2C%20(6%2C%2047)%2C%20(6%2C%2055)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(6%2C%2058)%2C%20(6%2C%2060)%2C%20(6%2C%2064)%2C%20(6%2C%2085)%2C%20(6%2C%20100)%2C%20(6%2C%20106)%2C%20(7%2C%208)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(7%2C%2021)%2C%20(7%2C%2022)%2C%20(7%2C%2040)%2C%20(7%2C%2068)%2C%20(7%2C%2073)%2C%20(7%2C%2077)%2C%20(7%2C%2078)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(7%2C%2082)%2C%20(7%2C%20108)%2C%20(7%2C%20111)%2C%20(8%2C%209)%2C%20(8%2C%2021)%2C%20(8%2C%2022)%2C%20(8%2C%2041)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(8%2C%2051)%2C%20(8%2C%2068)%2C%20(8%2C%2077)%2C%20(8%2C%2078)%2C%20(8%2C%2090)%2C%20(8%2C%20111)%2C%20(9%2C%2016)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(9%2C%2022)%2C%20(9%2C%2023)%2C%20(9%2C%2041)%2C%20(9%2C%2064)%2C%20(9%2C%2093)%2C%20(9%2C%20104)%2C%20(9%2C%20108)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(10%2C%2011)%2C%20(10%2C%2060)%2C%20(10%2C%2072)%2C%20(10%2C%2074)%2C%20(10%2C%2081)%2C%20(10%2C%2084)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(10%2C%2098)%2C%20(10%2C%20102)%2C%20(10%2C%20107)%2C%20(11%2C%2024)%2C%20(11%2C%2028)%2C%20(11%2C%2050)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(11%2C%2069)%2C%20(11%2C%2090)%2C%20(11%2C%2097)%2C%20(11%2C%20104)%2C%20(12%2C%2013)%2C%20(12%2C%2014)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(12%2C%2017)%2C%20(12%2C%2018)%2C%20(12%2C%2026)%2C%20(12%2C%2034)%2C%20(12%2C%2036)%2C%20(12%2C%2038)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(12%2C%2043)%2C%20(12%2C%2085)%2C%20(13%2C%2015)%2C%20(13%2C%2032)%2C%20(13%2C%2039)%2C%20(13%2C%2045)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(13%2C%2060)%2C%20(13%2C%2064)%2C%20(13%2C%20100)%2C%20(13%2C%20106)%2C%20(13%2C%20110)%2C%20(14%2C%2015)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(14%2C%2026)%2C%20(14%2C%2038)%2C%20(14%2C%2043)%2C%20(14%2C%2054)%2C%20(14%2C%2071)%2C%20(14%2C%2085)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(14%2C%2099)%2C%20(15%2C%2032)%2C%20(15%2C%2039)%2C%20(15%2C%2047)%2C%20(15%2C%2060)%2C%20(15%2C%2068)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(15%2C%2092)%2C%20(15%2C%20100)%2C%20(15%2C%20106)%2C%20(15%2C%20114)%2C%20(16%2C%2017)%2C%20(16%2C%2023)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(16%2C%2038)%2C%20(16%2C%2041)%2C%20(16%2C%2067)%2C%20(16%2C%2081)%2C%20(16%2C%2093)%2C%20(16%2C%20104)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(17%2C%2020)%2C%20(17%2C%2027)%2C%20(17%2C%2058)%2C%20(17%2C%2062)%2C%20(17%2C%2065)%2C%20(17%2C%2087)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(17%2C%2095)%2C%20(17%2C%2096)%2C%20(17%2C%20113)%2C%20(18%2C%2019)%2C%20(18%2C%2031)%2C%20(18%2C%2034)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(18%2C%2036)%2C%20(18%2C%2038)%2C%20(18%2C%2042)%2C%20(18%2C%2054)%2C%20(18%2C%2061)%2C%20(18%2C%2071)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(18%2C%2099)%2C%20(19%2C%2029)%2C%20(19%2C%2030)%2C%20(19%2C%2033)%2C%20(19%2C%2035)%2C%20(19%2C%2036)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(19%2C%2044)%2C%20(19%2C%2055)%2C%20(19%2C%2079)%2C%20(19%2C%2094)%2C%20(19%2C%20101)%2C%20(20%2C%2021)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(20%2C%2036)%2C%20(20%2C%2062)%2C%20(20%2C%2065)%2C%20(20%2C%2070)%2C%20(20%2C%2075)%2C%20(20%2C%2076)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(20%2C%2087)%2C%20(20%2C%2096)%2C%20(20%2C%20113)%2C%20(21%2C%2022)%2C%20(21%2C%2032)%2C%20(21%2C%2046)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(21%2C%2051)%2C%20(21%2C%2068)%2C%20(21%2C%2077)%2C%20(21%2C%20108)%2C%20(21%2C%20111)%2C%20(22%2C%2023)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(22%2C%2047)%2C%20(22%2C%2051)%2C%20(22%2C%2068)%2C%20(22%2C%2077)%2C%20(22%2C%2078)%2C%20(22%2C%20108)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(23%2C%2041)%2C%20(23%2C%2078)%2C%20(23%2C%2090)%2C%20(23%2C%2093)%2C%20(23%2C%20104)%2C%20(23%2C%20111)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(24%2C%2025)%2C%20(24%2C%2028)%2C%20(24%2C%2050)%2C%20(24%2C%2066)%2C%20(24%2C%2069)%2C%20(24%2C%2084)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(24%2C%2087)%2C%20(24%2C%2090)%2C%20(24%2C%20110)%2C%20(25%2C%2033)%2C%20(25%2C%2037)%2C%20(25%2C%2045)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(25%2C%2053)%2C%20(25%2C%2089)%2C%20(25%2C%20103)%2C%20(25%2C%20105)%2C%20(25%2C%20106)%2C%20(25%2C%20109)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(26%2C%2027)%2C%20(26%2C%2034)%2C%20(26%2C%2038)%2C%20(26%2C%2042)%2C%20(26%2C%2043)%2C%20(26%2C%2061)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(26%2C%2085)%2C%20(27%2C%2056)%2C%20(27%2C%2062)%2C%20(27%2C%2063)%2C%20(27%2C%2065)%2C%20(27%2C%2070)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(27%2C%2076)%2C%20(27%2C%2095)%2C%20(27%2C%2096)%2C%20(28%2C%2038)%2C%20(28%2C%2050)%2C%20(28%2C%2069)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(28%2C%2078)%2C%20(28%2C%2090)%2C%20(28%2C%20113)%2C%20(29%2C%2030)%2C%20(29%2C%2035)%2C%20(29%2C%2042)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(29%2C%2055)%2C%20(29%2C%2079)%2C%20(29%2C%2080)%2C%20(29%2C%2082)%2C%20(29%2C%2091)%2C%20(29%2C%2094)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(29%2C%20101)%2C%20(30%2C%2035)%2C%20(30%2C%2044)%2C%20(30%2C%2050)%2C%20(30%2C%2055)%2C%20(30%2C%2079)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(30%2C%2082)%2C%20(30%2C%2094)%2C%20(30%2C%20101)%2C%20(30%2C%20109)%2C%20(31%2C%2032)%2C%20(31%2C%2034)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(31%2C%2043)%2C%20(31%2C%2054)%2C%20(31%2C%2055)%2C%20(31%2C%2061)%2C%20(31%2C%2071)%2C%20(31%2C%2079)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(31%2C%2085)%2C%20(31%2C%2099)%2C%20(32%2C%2039)%2C%20(32%2C%2047)%2C%20(32%2C%2049)%2C%20(32%2C%2064)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(32%2C%20100)%2C%20(32%2C%20106)%2C%20(33%2C%2037)%2C%20(33%2C%2045)%2C%20(33%2C%2089)%2C%20(33%2C%20103)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(33%2C%20105)%2C%20(33%2C%20109)%2C%20(34%2C%2035)%2C%20(34%2C%2042)%2C%20(34%2C%2054)%2C%20(34%2C%2061)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(34%2C%2071)%2C%20(34%2C%2094)%2C%20(34%2C%2099)%2C%20(35%2C%2044)%2C%20(35%2C%2055)%2C%20(35%2C%2079)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(35%2C%2092)%2C%20(35%2C%2094)%2C%20(35%2C%20101)%2C%20(36%2C%2037)%2C%20(36%2C%2043)%2C%20(36%2C%2058)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(36%2C%2059)%2C%20(37%2C%2045)%2C%20(37%2C%2080)%2C%20(37%2C%2089)%2C%20(37%2C%2095)%2C%20(37%2C%20103)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(37%2C%20105)%2C%20(37%2C%20109)%2C%20(38%2C%2039)%2C%20(38%2C%2043)%2C%20(38%2C%2054)%2C%20(38%2C%2071)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(38%2C%2085)%2C%20(39%2C%2047)%2C%20(39%2C%2054)%2C%20(39%2C%2060)%2C%20(39%2C%2082)%2C%20(39%2C%20100)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(39%2C%20106)%2C%20(40%2C%2041)%2C%20(40%2C%2051)%2C%20(40%2C%2052)%2C%20(40%2C%2072)%2C%20(40%2C%2074)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(40%2C%2081)%2C%20(40%2C%2098)%2C%20(40%2C%20102)%2C%20(40%2C%20107)%2C%20(41%2C%2067)%2C%20(41%2C%2093)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(41%2C%20104)%2C%20(42%2C%2043)%2C%20(42%2C%2057)%2C%20(42%2C%2063)%2C%20(43%2C%2061)%2C%20(43%2C%2070)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(43%2C%2079)%2C%20(43%2C%2085)%2C%20(44%2C%2045)%2C%20(44%2C%2048)%2C%20(44%2C%2057)%2C%20(44%2C%2066)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(44%2C%2075)%2C%20(44%2C%2086)%2C%20(44%2C%2091)%2C%20(44%2C%20112)%2C%20(45%2C%2062)%2C%20(45%2C%2089)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(45%2C%20103)%2C%20(45%2C%20105)%2C%20(45%2C%20109)%2C%20(46%2C%2047)%2C%20(46%2C%2049)%2C%20(46%2C%2053)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(46%2C%2067)%2C%20(46%2C%2073)%2C%20(46%2C%2083)%2C%20(46%2C%2088)%2C%20(46%2C%20110)%2C%20(46%2C%20111)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(46%2C%20114)%2C%20(47%2C%2060)%2C%20(47%2C%2061)%2C%20(47%2C%2064)%2C%20(47%2C%20100)%2C%20(48%2C%2049)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(48%2C%2053)%2C%20(48%2C%2057)%2C%20(48%2C%2066)%2C%20(48%2C%2075)%2C%20(48%2C%2086)%2C%20(48%2C%2091)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(48%2C%2092)%2C%20(48%2C%2096)%2C%20(48%2C%2098)%2C%20(49%2C%2053)%2C%20(49%2C%2067)%2C%20(49%2C%2073)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(49%2C%2083)%2C%20(49%2C%2084)%2C%20(49%2C%2088)%2C%20(49%2C%20110)%2C%20(49%2C%20114)%2C%20(50%2C%2051)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(50%2C%2068)%2C%20(50%2C%2069)%2C%20(50%2C%2078)%2C%20(50%2C%2090)%2C%20(51%2C%2068)%2C%20(51%2C%2077)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(51%2C%2078)%2C%20(51%2C%20101)%2C%20(51%2C%20108)%2C%20(51%2C%20111)%2C%20(52%2C%2053)%2C%20(52%2C%2072)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(52%2C%2074)%2C%20(52%2C%2084)%2C%20(52%2C%2098)%2C%20(52%2C%20102)%2C%20(52%2C%20112)%2C%20(53%2C%2067)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(53%2C%2073)%2C%20(53%2C%2083)%2C%20(53%2C%2086)%2C%20(53%2C%2088)%2C%20(53%2C%20110)%2C%20(53%2C%20114)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(54%2C%2055)%2C%20(54%2C%2061)%2C%20(54%2C%2071)%2C%20(54%2C%2099)%2C%20(55%2C%2079)%2C%20(55%2C%2089)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(55%2C%2094)%2C%20(55%2C%20101)%2C%20(56%2C%2057)%2C%20(56%2C%2062)%2C%20(56%2C%2065)%2C%20(56%2C%2070)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(56%2C%2076)%2C%20(56%2C%2087)%2C%20(56%2C%2095)%2C%20(56%2C%2096)%2C%20(56%2C%20106)%2C%20(57%2C%2075)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(57%2C%2086)%2C%20(57%2C%2091)%2C%20(57%2C%2092)%2C%20(57%2C%20112)%2C%20(58%2C%2059)%2C%20(58%2C%2063)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(58%2C%2088)%2C%20(58%2C%2097)%2C%20(58%2C%20101)%2C%20(58%2C%20114)%2C%20(59%2C%2060)%2C%20(59%2C%2063)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(59%2C%2066)%2C%20(59%2C%2076)%2C%20(59%2C%2097)%2C%20(59%2C%20113)%2C%20(60%2C%2064)%2C%20(60%2C%2071)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(60%2C%20106)%2C%20(61%2C%2062)%2C%20(61%2C%2071)%2C%20(61%2C%2092)%2C%20(61%2C%2099)%2C%20(62%2C%2070)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(62%2C%2076)%2C%20(62%2C%2087)%2C%20(62%2C%2095)%2C%20(62%2C%20105)%2C%20(63%2C%2064)%2C%20(63%2C%2065)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(63%2C%2097)%2C%20(63%2C%20109)%2C%20(63%2C%20112)%2C%20(64%2C%20100)%2C%20(64%2C%20106)%2C%20(64%2C%20111)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(65%2C%2066)%2C%20(65%2C%2070)%2C%20(65%2C%2087)%2C%20(65%2C%2096)%2C%20(65%2C%20113)%2C%20(66%2C%2075)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(66%2C%2076)%2C%20(66%2C%2086)%2C%20(66%2C%2091)%2C%20(66%2C%2092)%2C%20(66%2C%20112)%2C%20(67%2C%2068)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(67%2C%2073)%2C%20(67%2C%2083)%2C%20(67%2C%2088)%2C%20(67%2C%20104)%2C%20(67%2C%20110)%2C%20(67%2C%20114)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(68%2C%2078)%2C%20(68%2C%20108)%2C%20(68%2C%20111)%2C%20(69%2C%2070)%2C%20(69%2C%2083)%2C%20(69%2C%2088)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(69%2C%2090)%2C%20(69%2C%2091)%2C%20(69%2C%2095)%2C%20(70%2C%2076)%2C%20(70%2C%2095)%2C%20(70%2C%20103)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(70%2C%20113)%2C%20(71%2C%2072)%2C%20(71%2C%2099)%2C%20(72%2C%2074)%2C%20(72%2C%2081)%2C%20(72%2C%20102)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(72%2C%20104)%2C%20(72%2C%20107)%2C%20(73%2C%2074)%2C%20(73%2C%2077)%2C%20(73%2C%2083)%2C%20(73%2C%2088)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(73%2C%20110)%2C%20(73%2C%20114)%2C%20(74%2C%2082)%2C%20(74%2C%2084)%2C%20(74%2C%20102)%2C%20(75%2C%2076)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(75%2C%2086)%2C%20(75%2C%2092)%2C%20(75%2C%20107)%2C%20(75%2C%20112)%2C%20(76%2C%2095)%2C%20(76%2C%2096)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(76%2C%20113)%2C%20(77%2C%2078)%2C%20(77%2C%2082)%2C%20(77%2C%2098)%2C%20(77%2C%20108)%2C%20(77%2C%20111)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(78%2C%20108)%2C%20(78%2C%20111)%2C%20(79%2C%2080)%2C%20(79%2C%2094)%2C%20(79%2C%20101)%2C%20(79%2C%20109)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(80%2C%2082)%2C%20(80%2C%2085)%2C%20(80%2C%2086)%2C%20(80%2C%2091)%2C%20(80%2C%2093)%2C%20(80%2C%2094)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(80%2C%20105)%2C%20(80%2C%20110)%2C%20(81%2C%2082)%2C%20(81%2C%2083)%2C%20(81%2C%2084)%2C%20(81%2C%2098)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(81%2C%20107)%2C%20(82%2C%2093)%2C%20(82%2C%2094)%2C%20(82%2C%20100)%2C%20(83%2C%2084)%2C%20(83%2C%2088)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(83%2C%20110)%2C%20(83%2C%20114)%2C%20(84%2C%2098)%2C%20(84%2C%20107)%2C%20(85%2C%2099)%2C%20(86%2C%2087)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(86%2C%2091)%2C%20(86%2C%2092)%2C%20(86%2C%2097)%2C%20(87%2C%2095)%2C%20(87%2C%2096)%2C%20(87%2C%20104)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(87%2C%20113)%2C%20(88%2C%2089)%2C%20(88%2C%20107)%2C%20(88%2C%20110)%2C%20(88%2C%20114)%2C%20(89%2C%2099)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(89%2C%20103)%2C%20(89%2C%20105)%2C%20(89%2C%20109)%2C%20(91%2C%2092)%2C%20(91%2C%2093)%2C%20(91%2C%20112)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(92%2C%20106)%2C%20(92%2C%20112)%2C%20(93%2C%20104)%2C%20(94%2C%20101)%2C%20(95%2C%20113)%2C%20(96%2C%20112)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(96%2C%20113)%2C%20(97%2C%2098)%2C%20(97%2C%20112)%2C%20(98%2C%20102)%2C%20(98%2C%20107)%2C%20(99%2C%20100)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(100%2C%20102)%2C%20(102%2C%20103)%2C%20(102%2C%20107)%2C%20(103%2C%20105)%2C%20(103%2C%20109)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(104%2C%20114)%2C%20(105%2C%20109)%2C%20(108%2C%20111)%2C%20(110%2C%20114)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20def%20_build(names%2C%20edges%2C%20attr%3DNone%2C%20attr_name%3DNone%2C%20value_names%3DNone)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g_%20%3D%20ig.Graph(n%3Dlen(names)%2C%20edges%3Dlist(edges)%2C%20directed%3DFalse)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g_.vs%5B%22name%22%5D%20%3D%20list(names)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20attr%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20g_.vs%5Battr_name%5D%20%3D%20list(attr)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20g_%5B%22_attr_name%22%5D%20%3D%20attr_name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20g_%5B%22_attr_value_names%22%5D%20%3D%20list(value_names)%20if%20value_names%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20g_%0A%0A%20%20%20%20def%20_football()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20_build(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20FOOTBALL_NAMES%2C%20FOOTBALL_EDGES%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20attr%3DFOOTBALL_CONF%2C%20attr_name%3D%22Conference%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value_names%3DCONFERENCE_NAMES%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20def%20_karate()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g_%20%3D%20ig.Graph.Famous(%22Zachary%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g_.vs%5B%22name%22%5D%20%3D%20%5Bstr(i)%20for%20i%20in%20range(g_.vcount())%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g_.vs%5B%22Faction%22%5D%20%3D%20list(_zachary_factions)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g_%5B%22_attr_name%22%5D%20%3D%20%22Faction%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g_%5B%22_attr_value_names%22%5D%20%3D%20%5B%22Mr%20Hi%22%2C%20%22Officer%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20g_%0A%0A%20%20%20%20def%20_florentine()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20_build(_flor_names%2C%20_flor_edges)%0A%0A%20%20%20%20def%20_kite()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g_%20%3D%20ig.Graph.Famous(%22Krackhardt_Kite%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g_.vs%5B%22name%22%5D%20%3D%20%5Bstr(i)%20for%20i%20in%20range(g_.vcount())%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20g_%0A%0A%20%20%20%20def%20_smallworld()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g_%20%3D%20ig.Graph.Watts_Strogatz(dim%3D1%2C%20size%3D40%2C%20nei%3D3%2C%20p%3D0.1)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g_.vs%5B%22name%22%5D%20%3D%20%5Bf%22n%7Bi%7D%22%20for%20i%20in%20range(g_.vcount())%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20g_%0A%0A%20%20%20%20def%20_scalefree()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g_%20%3D%20ig.Graph.Barabasi(n%3D80%2C%20m%3D2%2C%20directed%3DFalse)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g_.vs%5B%22name%22%5D%20%3D%20%5Bf%22n%7Bi%7D%22%20for%20i%20in%20range(g_.vcount())%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20g_%0A%0A%20%20%20%20BUNDLED%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Football%20(115%20teams%2C%2012%20conferences)%22%3A%20_football%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Florentine%20families%20(16%20nodes)%22%3A%20_florentine%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Karate%20club%20(34%20nodes%2C%202%20factions)%22%3A%20_karate%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Krackhardt%20Kite%20(10%20nodes)%22%3A%20_kite%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Small-world%20(40%20nodes)%22%3A%20_smallworld%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Scale-free%20(80%20nodes)%22%3A%20_scalefree%2C%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20return%20(BUNDLED%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20chooser_widgets(BUNDLED%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20bundled_choice%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Dlist(BUNDLED.keys())%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%22Football%20(115%20teams%2C%2012%20conferences)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Bundled%20network%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20file_upload%20%3D%20mo.ui.file(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20kind%3D%22button%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filetypes%3D%5B%22.csv%22%2C%20%22.tsv%22%2C%20%22.txt%22%2C%20%22.graphml%22%2C%20%22.gml%22%2C%20%22.xml%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Upload%20edge%20list%20or%20GraphML%2FGML%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20multiple%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20bundled_choice%2C%20file_upload%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20build_active_graph(%0A%20%20%20%20BUNDLED%2C%0A%20%20%20%20MAX_NODES%2C%0A%20%20%20%20bundled_choice%2C%0A%20%20%20%20file_upload%2C%0A%20%20%20%20ig%2C%0A%20%20%20%20io%2C%0A%20%20%20%20pd%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20import%20os%0A%20%20%20%20import%20tempfile%0A%0A%20%20%20%20def%20_read_uploaded(file_obj)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Parse%20an%20uploaded%20file%20(CSV%2FTSV%20edge%20list%2C%20GraphML%2C%20or%20GML).%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20name%20%3D%20file_obj.name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ext%20%3D%20name.lower().rsplit(%22.%22%2C%201)%5B-1%5D%20if%20%22.%22%20in%20name%20else%20%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raw%20%3D%20file_obj.contents%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20isinstance(raw%2C%20str)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raw_bytes%20%3D%20raw.encode(%22utf-8%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raw_bytes%20%3D%20raw%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20ext%20in%20(%22graphml%22%2C%20%22xml%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20igraph's%20reader%20needs%20a%20filename%20%E2%80%94%20write%20to%20%2Ftmp%20(works%20in%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Pyodide%20too).%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20with%20tempfile.NamedTemporaryFile(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20suffix%3D%22.graphml%22%2C%20delete%3DFalse%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%20as%20tf%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tf.write(raw_bytes)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tf_path%20%3D%20tf.name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20ig.Graph.Read_GraphML(tf_path)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20finally%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20os.unlink(tf_path)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%20OSError%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20ext%20%3D%3D%20%22gml%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20with%20tempfile.NamedTemporaryFile(suffix%3D%22.gml%22%2C%20delete%3DFalse)%20as%20tf%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tf.write(raw_bytes)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tf_path%20%3D%20tf.name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20ig.Graph.Read_GML(tf_path)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20finally%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20os.unlink(tf_path)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%20OSError%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Otherwise%3A%20edge%20list%20(CSV%2FTSV%2FTXT)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20text%20%3D%20raw_bytes.decode(%22utf-8%22%2C%20errors%3D%22replace%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sep%20%3D%20%22%5Ct%22%20if%20text.count(%22%5Ct%22)%20%3E%20text.count(%22%2C%22)%20else%20%22%2C%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df%20%3D%20pd.read_csv(io.StringIO(text)%2C%20sep%3Dsep)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df.columns%20%3D%20%5Bc.lower().strip()%20for%20c%20in%20df.columns%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20%22source%22%20not%20in%20df.columns%20or%20%22target%22%20not%20in%20df.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Edge%20list%20must%20have%20columns%20named%20'source'%20and%20'target'.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20edges%20%3D%20list(zip(df%5B%22source%22%5D.astype(str)%2C%20df%5B%22target%22%5D.astype(str)))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20ig.Graph.TupleList(edges%2C%20directed%3DFalse)%0A%0A%20%20%20%20def%20_detect_attrs(graph)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Return%20a%20list%20of%20vertex%20attribute%20names%20that%20look%20categorical.%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20skip%20%3D%20%7B%22name%22%2C%20%22id%22%2C%20%22x%22%2C%20%22y%22%2C%20%22_pos%22%2C%20%22label%22%2C%20%22nodelabel%22%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20out%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20a%20in%20graph.vs.attributes()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20a.lower()%20in%20skip%20or%20a.startswith(%22_%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20vals%20%3D%20graph.vs%5Ba%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20unique%20%3D%20set(vals)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%20TypeError%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Categorical%3A%20few%20enough%20unique%20values%20to%20colour%20by%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cap%20%3D%20max(20%2C%20graph.vcount()%20%2F%2F%204)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%201%20%3C%20len(unique)%20%3C%3D%20cap%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20out.append(a)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20out%0A%0A%20%20%20%20upload_warning%20%3D%20None%0A%20%20%20%20source_label%20%3D%20%22%22%0A%20%20%20%20g_active%20%3D%20None%0A%0A%20%20%20%20if%20file_upload.value%20and%20len(file_upload.value)%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_f%20%3D%20file_upload.value%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_g%20%3D%20_read_uploaded(_f)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_g.simplify(multiple%3DTrue%2C%20loops%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_g.vcount()%20%3E%20MAX_NODES%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_g%20%3D%20_g.connected_components().giant()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_g.vcount()%20%3E%20MAX_NODES%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_keep%20%3D%20sorted(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20range(_g.vcount())%2C%20key%3Dlambda%20i%3A%20-_g.degree(i)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%5B%3AMAX_NODES%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_g%20%3D%20_g.subgraph(_keep)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20upload_warning%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Upload%20had%20more%20than%20%7BMAX_NODES%7D%20nodes%3B%20trimmed%20to%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22the%20largest%20component%20(%7B_g.vcount()%7D%20nodes).%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20g_active%20%3D%20_g%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20source_label%20%3D%20f%22upload%3A%20%7B_f.name%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%20as%20_e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20upload_warning%20%3D%20f%22Upload%20error%3A%20%7B_e%7D.%20Falling%20back%20to%20bundled.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20g_active%20%3D%20None%0A%0A%20%20%20%20if%20g_active%20is%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g_active%20%3D%20BUNDLED%5Bbundled_choice.value%5D()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20source_label%20%3D%20bundled_choice.value%0A%0A%20%20%20%20g_active.simplify(multiple%3DTrue%2C%20loops%3DTrue)%0A%20%20%20%20%23%20Make%20sure%20every%20vertex%20has%20a%20usable%20label%0A%20%20%20%20if%20%22name%22%20not%20in%20g_active.vs.attributes()%20or%20any(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20v%5B%22name%22%5D%20is%20None%20for%20v%20in%20g_active.vs%0A%20%20%20%20)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20%22id%22%20in%20g_active.vs.attributes()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20g_active.vs%5B%22name%22%5D%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20str(v)%20if%20v%20is%20not%20None%20else%20str(i)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20i%2C%20v%20in%20enumerate(g_active.vs%5B%22id%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20g_active.vs%5B%22name%22%5D%20%3D%20%5Bstr(i)%20for%20i%20in%20range(g_active.vcount())%5D%0A%0A%20%20%20%20g%20%3D%20g_active%0A%20%20%20%20%23%20Attributes%20available%20for%20colouring%20%E2%80%94%20bundled%20networks%20declare%20a%0A%20%20%20%20%23%20primary%20one%20via%20g%5B%22_attr_name%22%5D%3B%20for%20uploads%20we%20sniff%20them%20out.%0A%20%20%20%20primary_attr%20%3D%20g%5B%22_attr_name%22%5D%20if%20%22_attr_name%22%20in%20g.attributes()%20else%20None%0A%20%20%20%20attr_value_names%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g%5B%22_attr_value_names%22%5D%20if%20%22_attr_value_names%22%20in%20g.attributes()%20else%20None%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20detected%20%3D%20_detect_attrs(g)%0A%20%20%20%20if%20primary_attr%20is%20not%20None%20and%20primary_attr%20in%20detected%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20put%20the%20bundled%20%22primary%22%20attribute%20first%0A%20%20%20%20%20%20%20%20detected%20%3D%20%5Bprimary_attr%5D%20%2B%20%5Ba%20for%20a%20in%20detected%20if%20a%20!%3D%20primary_attr%5D%0A%20%20%20%20attr_names%20%3D%20detected%0A%20%20%20%20attr_name%20%3D%20attr_names%5B0%5D%20if%20attr_names%20else%20None%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20attr_name%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20attr_names%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20attr_value_names%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20source_label%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20upload_warning%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20sidebar_cell(%0A%20%20%20%20bundled_choice%2C%0A%20%20%20%20file_upload%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20source_label%2C%0A%20%20%20%20upload_warning%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20_items%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%23%23%23%20Active%20network%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20bundled_choice%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22_Or%20upload%20your%20own%3A_%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20file_upload%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22**Currently%3A**%20%20%5Cn%7Bsource_label%7D%22)%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20if%20upload_warning%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_items.append(mo.md(f%22%3E%20%E2%9A%A0%EF%B8%8F%20%7Bupload_warning%7D%22))%0A%20%20%20%20_items.append(mo.md(%22---%22))%0A%20%20%20%20_items.append(mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22_The%20active%20network%20drives%20every%20section%20below%20%E2%80%94%20pick%20it%20once%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22here%2C%20then%20scroll._%22%0A%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20mo.sidebar(_items)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20title(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20From%20data%20to%20a%20story%20about%20a%20network%0A%0A%20%20%20%20*Javier%20Garcia-Bernardo%20%E2%80%94%20ODISSEI%20Social%20Data%20Science%20team%20(SoDa)%20%26%20Department%20of%20Methodology%20and%20Statistics%2C%20Utrecht%20University*%0A%0A%20%20%20%20Pick%20a%20network%20in%20the%20sidebar%20%E2%80%94%20bundled%2C%20your%20own%20edge%20list%2C%20or%20your%0A%20%20%20%20own%20GraphML%20%E2%80%94%20and%20we'll%20do%20five%20things%20with%20that%20same%20network%3A%0A%0A%20%20%20%201.%20**Read%20it**%20%E2%80%94%20three%20data%20formats%2C%20same%20graph%0A%20%20%20%202.%20**Draw%20it**%20%E2%80%94%20layouts%2C%20colours%2C%20and%20visual%20encoding%0A%20%20%20%203.%20**Measure%20it**%20%E2%80%94%20averages%20and%20the%20distributions%20behind%20them%0A%20%20%20%204.%20**Change%20it**%20%E2%80%94%20rewire%20and%20resize%2C%20watch%20the%20metrics%20react%0A%20%20%20%205.%20**Rank%20it**%20%E2%80%94%20four%20definitions%20of%20*important*%2C%20four%20answers%0A%0A%20%20%20%20The%20default%20is%20the%20**US%20college%20football%20network**%20(Girvan%20%26%20Newman%0A%20%20%20%202002)%3A%20115%20teams%2C%20613%20games%2C%2012%20conferences.%20Small%20enough%20to%20keep%20on%0A%20%20%20%20screen%2C%20large%20enough%20to%20have%20real%20community%20structure.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20section1_header(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20---%0A%20%20%20%20%23%23%201%20%C2%B7%20Read%20it%20%E2%80%94%20three%20data%20formats%0A%0A%20%20%20%20The%20same%20graph%20can%20be%20written%20down%20in%20many%20ways.%20The%20choice%20depends%0A%20%20%20%20on%20what%20you%20want%20to%20keep%20around%20and%20who%20you%20are%20sharing%20it%20with.%20Below%2C%0A%20%20%20%20the%20active%20network%20in%20three%20flavours%2C%20side%20by%20side.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20s1_three_views(attr_name%2C%20g%2C%20mo%2C%20np%2C%20pd%2C%20plt)%3A%0A%20%20%20%20_names%20%3D%20g.vs%5B%22name%22%5D%0A%20%20%20%20_n%20%3D%20g.vcount()%0A%0A%20%20%20%20%23%201.%20Edge%20list%20(narrow)%0A%20%20%20%20_rows%20%3D%20%5B(_names%5Be.source%5D%2C%20_names%5Be.target%5D)%20for%20e%20in%20g.es%5D%0A%20%20%20%20_edgelist_df%20%3D%20pd.DataFrame(_rows%2C%20columns%3D%5B%22source%22%2C%20%22target%22%5D)%0A%0A%20%20%20%20%23%202.%20Adjacency%20matrix%0A%20%20%20%20_A%20%3D%20np.array(g.get_adjacency().data)%0A%20%20%20%20_fig%2C%20_ax%20%3D%20plt.subplots(figsize%3D(5.2%2C%204.8))%0A%20%20%20%20_ax.imshow(_A%2C%20cmap%3D%22Blues%22%2C%20vmin%3D0%2C%20vmax%3D1%2C%20aspect%3D%22equal%22)%0A%20%20%20%20if%20_n%20%3C%3D%2030%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ax.set_xticks(range(_n))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ax.set_yticks(range(_n))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ax.set_xticklabels(_names%2C%20rotation%3D90%2C%20fontsize%3D8)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ax.set_yticklabels(_names%2C%20fontsize%3D8)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ax.set_xticks(%5B%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ax.set_yticks(%5B%5D)%0A%20%20%20%20_ax.set_title(f%22Adjacency%20matrix%20(%7B_n%7D%C3%97%7B_n%7D)%22)%0A%20%20%20%20_ax.grid(False)%0A%20%20%20%20plt.tight_layout()%0A%0A%20%20%20%20%23%203.%20GraphML%20snippet%2C%20including%20the%20(primary)%20node%20attribute%20when%20present%0A%20%20%20%20_attr_vals%20%3D%20g.vs%5Battr_name%5D%20if%20attr_name%20else%20None%0A%20%20%20%20_gml_lines%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'%3C%3Fxml%20version%3D%221.0%22%20encoding%3D%22UTF-8%22%3F%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'%3Cgraphml%20xmlns%3D%22http%3A%2F%2Fgraphml.graphdrawing.org%2Fxmlns%22%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'%20%20%3Ckey%20id%3D%22d0%22%20for%3D%22node%22%20attr.name%3D%22name%22%20attr.type%3D%22string%22%2F%3E'%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20if%20attr_name%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_gml_lines.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'%20%20%3Ckey%20id%3D%22d1%22%20for%3D%22node%22%20attr.name%3D%22%7Battr_name%7D%22%20attr.type%3D%22string%22%2F%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_gml_lines.append('%20%20%3Cgraph%20edgedefault%3D%22undirected%22%3E')%0A%20%20%20%20for%20_i%2C%20_nm%20in%20enumerate(_names)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_node%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'%20%20%20%20%3Cnode%20id%3D%22n%7B_i%7D%22%3E%3Cdata%20key%3D%22d0%22%3E%7B_nm%7D%3C%2Fdata%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20attr_name%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_node%20%2B%3D%20f'%3Cdata%20key%3D%22d1%22%3E%7B_attr_vals%5B_i%5D%7D%3C%2Fdata%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_node%20%2B%3D%20%22%3C%2Fnode%3E%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_gml_lines.append(_node)%0A%20%20%20%20for%20_e%20in%20g.es%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_gml_lines.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'%20%20%20%20%3Cedge%20source%3D%22n%7B_e.source%7D%22%20target%3D%22n%7B_e.target%7D%22%2F%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_gml_lines.append(%22%20%20%3C%2Fgraph%3E%22)%0A%20%20%20%20_gml_lines.append(%22%3C%2Fgraphml%3E%22)%0A%20%20%20%20_graphml_text%20%3D%20%22%5Cn%22.join(_gml_lines)%0A%20%20%20%20_snippet%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%5Cn%22.join(_graphml_text.splitlines()%5B%3A18%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%2B%20%22%5Cn%20%20...%5Cn%3C%2Fgraphml%3E%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Build%20a%20GraphML%20snippet%20that%20shows%20BOTH%20some%20nodes%20and%20some%20edges%0A%20%20%20%20%23%20%E2%80%94%20split%20into%20a%20head%20(the%20%3Ckey%3E%2Ffirst%20nodes)%20and%20a%20tail%20(first%20edges%0A%20%20%20%20%23%20%2B%20closing%20tag)%2C%20joined%20by%20an%20ellipsis.%0A%20%20%20%20_all_lines%20%3D%20_graphml_text.splitlines()%0A%20%20%20%20%23%20locate%20where%20edges%20begin%0A%20%20%20%20_edge_start%20%3D%20next(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(i%20for%20i%2C%20ln%20in%20enumerate(_all_lines)%20if%20ln.lstrip().startswith(%22%3Cedge%22))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20len(_all_lines)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_max_nodes%20%3D%206%0A%20%20%20%20_max_edges%20%3D%208%0A%20%20%20%20_head_end%20%3D%20min(_edge_start%2C%20_all_lines.index(%22%20%20%3Cgraph%20edgedefault%3D%5C%22undirected%5C%22%3E%22)%20%2B%201%20%2B%20_max_nodes)%0A%20%20%20%20_head%20%3D%20_all_lines%5B%3A_head_end%5D%0A%20%20%20%20if%20_head_end%20%3C%20_edge_start%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_head.append(%22%20%20%20%20...%22)%0A%20%20%20%20_tail_lines%20%3D%20_all_lines%5B_edge_start%3A_edge_start%20%2B%20_max_edges%5D%0A%20%20%20%20if%20_edge_start%20%2B%20_max_edges%20%3C%20len(_all_lines)%20-%202%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_tail_lines.append(%22%20%20%20%20...%22)%0A%20%20%20%20_tail_lines%20%2B%3D%20_all_lines%5B-2%3A%5D%20%20%23%20%3C%2Fgraph%3E%3C%2Fgraphml%3E%0A%20%20%20%20_snippet_both%20%3D%20%22%5Cn%22.join(_head%20%2B%20_tail_lines)%0A%0A%20%20%20%20_col_edgelist%20%3D%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22**1.%20Edge%20list%20(CSV%2FTSV)**%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.table(_edgelist_df%2C%20page_size%3D8%2C%20selection%3DNone)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22_%7Blen(_rows)%7D%20edges._%20Two%20columns%2C%20one%20row%20per%20relationship.%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Easy%20to%20share%2C%20easy%20to%20read.%20No%20place%20for%20node%20attributes.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20_col_adj%20%3D%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22**2.%20Adjacency%20matrix**%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22One%20cell%20per%20ordered%20pair.%20Linear%20algebra%20is%20easy%20on%20this%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22shape%20(paths%20%3D%20matrix%20powers%2C%20communities%20%3D%20eigenvectors)%2C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22but%20memory%20is%20_O(n%C2%B2)_%20%E2%80%94%20sparse%20storage%20matters%20for%20large%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22graphs.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%5D)%0A%0A%20%20%20%20_row_top%20%3D%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B_col_edgelist%2C%20_col_adj%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20widths%3D%5B1.0%2C%201.2%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20gap%3D1.5%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20align%3D%22start%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_row_bottom%20%3D%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22**3.%20GraphML%20%2F%20GML%20(interchange%20XML)**%20%E2%80%94%20nodes%20_and_%20edges%20in%20one%20file%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%60%60%60xml%5Cn%7B_snippet_both%7D%5Cn%60%60%60%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Keeps%20**node%20properties**%20(here%20%60name%60%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%2B%20(f%22%2C%20%60%7Battr_name%7D%60%22%20if%20attr_name%20else%20%22%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%2B%20%22)%20_and_%20edge%20attributes%20(weight%2C%20type%2C%20timestamp).%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Supports%20directed%2C%20undirected%2C%20mixed%2C%20weighted%20and%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22multi-graphs.%20Verbose%20but%20lossless%20%E2%80%94%20the%20right%20format%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22when%20the%20data%20is%20more%20than%20a%20bare%20list%20of%20pairs.%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22**Rule%20of%20thumb%3A**%20GraphML%20in%20general%2C%20CSV%20for%20small%20%2F%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22simple%20cases%20(you%20usually%20need%20two%20tables%20%E2%80%94%20one%20for%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22edges%2C%20one%20for%20node%20attributes)%2C%20JSON%20for%20the%20web.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B_row_top%2C%20_row_bottom%5D%2C%20gap%3D1.5)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20section2_header(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20---%0A%20%20%20%20%23%23%202%20%C2%B7%20Draw%20it%20%E2%80%94%20layouts%20and%20visual%20encoding%0A%0A%20%20%20%20A%20drawing%20is%20a%20*choice*%2C%20not%20a%20fact.%20The%20same%20network%20can%20look%20like%20a%0A%20%20%20%20clear%20hierarchy%20under%20one%20layout%20and%20a%20chaotic%20blob%20under%20another.%0A%20%20%20%20Force-directed%20layouts%20(Fruchterman-Reingold%2C%20Kamada-Kawai)%20let%0A%20%20%20%20communities%20emerge%20as%20visual%20clusters%3B%20circular%20and%20random%20layouts%0A%20%20%20%20deliberately%20don't.%20Pick%20one%2C%20choose%20what%20to%20colour%20by%2C%20and%20notice%0A%20%20%20%20which%20structural%20facts%20survive%20across%20layouts.%0A%0A%20%20%20%20Node%20positions%20are%20computed%20**once**%20per%20layout%20%E2%80%94%20changing%20node%0A%20%20%20%20size%20or%20colouring%20does%20not%20reshuffle%20the%20nodes.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20s2_widgets(attr_names%2C%20g%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20_color_options%20%3D%20%5B%22None%20(single%20colour)%22%5D%0A%20%20%20%20for%20_a%20in%20attr_names%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_color_options.append(f%22Attribute%20%C2%B7%20%7B_a%7D%22)%0A%20%20%20%20_color_options.append(%22Detected%20community%22)%0A%20%20%20%20_default_color%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Attribute%20%C2%B7%20%7Battr_names%5B0%5D%7D%22%20if%20attr_names%20else%20%22Detected%20community%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20layout_choice%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3D%5B%22Fruchterman-Reingold%22%2C%20%22Kamada-Kawai%22%2C%20%22MDS%22%2C%20%22Circle%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%22Fruchterman-Reingold%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Layout%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20color_choice%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3D_color_options%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D_default_color%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Colour%20by%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20node_size%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D10%2C%20stop%3D80%2C%20step%3D2%2C%20value%3D22%2C%20label%3D%22Node%20size%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20show_labels%20%3D%20mo.ui.checkbox(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D(g.vcount()%20%3C%3D%2040)%2C%20label%3D%22Show%20node%20labels%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20color_choice%2C%20layout_choice%2C%20node_size%2C%20show_labels%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20s2_layout_cache(g%2C%20layout_choice)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Depends%20only%20on%20g%20and%20layout_choice%20%E2%80%94%20node-size%20%2F%20alpha%20changes%0A%20%20%20%20%23%20do%20NOT%20trigger%20a%20recompute.%0A%20%20%20%20_layout_map%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Fruchterman-Reingold%22%3A%20lambda%3A%20g.layout_fruchterman_reingold(niter%3D500)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Kamada-Kawai%22%3A%20g.layout_kamada_kawai%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22MDS%22%3A%20g.layout_mds%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Circle%22%3A%20g.layout_circle%2C%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20layout_coords%20%3D%20%5Btuple(row)%20for%20row%20in%20_layout_map%5Blayout_choice.value%5D().coords%5D%0A%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20community_membership%20%3D%20g.community_multilevel().membership%0A%20%20%20%20except%20Exception%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20community_membership%20%3D%20%5B0%5D%20*%20g.vcount()%0A%20%20%20%20return%20community_membership%2C%20layout_coords%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20s2_plot(%0A%20%20%20%20EDGE_COLOR%2C%0A%20%20%20%20NEUTRAL_NODE%2C%0A%20%20%20%20PALETTE%2C%0A%20%20%20%20attr_name%2C%0A%20%20%20%20attr_value_names%2C%0A%20%20%20%20color_choice%2C%0A%20%20%20%20community_membership%2C%0A%20%20%20%20g%2C%0A%20%20%20%20ig%2C%0A%20%20%20%20layout_choice%2C%0A%20%20%20%20layout_coords%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20node_size%2C%0A%20%20%20%20plt%2C%0A%20%20%20%20show_labels%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20_choice%20%3D%20color_choice.value%0A%20%20%20%20_legend_pairs%20%3D%20None%20%20%23%20list%20of%20(label%2C%20color)%20for%20legend%0A%20%20%20%20_legend_title%20%3D%20None%0A%0A%20%20%20%20if%20_choice%20%3D%3D%20%22None%20(single%20colour)%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_colors%20%3D%20%5BNEUTRAL_NODE%5D%20*%20g.vcount()%0A%20%20%20%20elif%20_choice.startswith(%22Attribute%20%C2%B7%20%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_active_attr%20%3D%20_choice%5Blen(%22Attribute%20%C2%B7%20%22)%3A%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_vals_raw%20%3D%20g.vs%5B_active_attr%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Map%20raw%20values%20(which%20can%20be%20int%2C%20str%2C%20anything)%20to%20colour%20indices%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20so%20we%20can%20colour%20categorical%20attributes%20that%20aren't%20integers.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_unique%20%3D%20sorted(set(_vals_raw)%2C%20key%3Dlambda%20x%3A%20str(x))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_idx%20%3D%20%7Bv%3A%20i%20for%20i%2C%20v%20in%20enumerate(_unique)%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_colors%20%3D%20%5BPALETTE%5B_idx%5Bv%5D%20%25%20len(PALETTE)%5D%20for%20v%20in%20_vals_raw%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Use%20bundled%20value%20names%20only%20when%20the%20attribute%20matches%20the%20primary.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_use_names%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20attr_value_names%20is%20not%20None%20and%20_active_attr%20%3D%3D%20attr_name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_legend_pairs%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_v%20in%20_unique%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_use_names%20and%20isinstance(_v%2C%20int)%20and%200%20%3C%3D%20_v%20%3C%20len(attr_value_names)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_label%20%3D%20attr_value_names%5B_v%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_label%20%3D%20str(_v)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_legend_pairs.append((_label%2C%20PALETTE%5B_idx%5B_v%5D%20%25%20len(PALETTE)%5D))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_legend_title%20%3D%20_active_attr%0A%20%20%20%20else%3A%20%20%23%20Detected%20community%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_colors%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20PALETTE%5Bm%20%25%20len(PALETTE)%5D%20for%20m%20in%20community_membership%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20_fig%2C%20_ax%20%3D%20plt.subplots(figsize%3D(7.5%2C%206.5))%0A%20%20%20%20_ax.set_facecolor(%22white%22)%0A%20%20%20%20_ax.grid(False)%0A%20%20%20%20_ax.set_xticks(%5B%5D)%0A%20%20%20%20_ax.set_yticks(%5B%5D)%0A%20%20%20%20for%20_side%20in%20(%22top%22%2C%20%22right%22%2C%20%22bottom%22%2C%20%22left%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ax.spines%5B_side%5D.set_visible(False)%0A%0A%20%20%20%20_vlabels%20%3D%20g.vs%5B%22name%22%5D%20if%20show_labels.value%20else%20%5B%22%22%5D%20*%20g.vcount()%0A%20%20%20%20ig.plot(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20target%3D_ax%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20layout%3Dlayout_coords%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20vertex_color%3D_colors%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20vertex_size%3Dnode_size.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20vertex_frame_width%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20vertex_label%3D_vlabels%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20vertex_label_size%3D9%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20vertex_label_color%3D%22%23222222%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20edge_color%3DEDGE_COLOR%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20edge_width%3D1.0%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20if%20_legend_pairs%20is%20not%20None%20and%20len(_legend_pairs)%20%3C%3D%2014%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_handles%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20plt.Line2D(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B0%5D%2C%20%5B0%5D%2C%20marker%3D%22o%22%2C%20color%3D%22w%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20markerfacecolor%3D_c%2C%20markeredgecolor%3D%22%23333%22%2C%20markersize%3D8%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D_lbl%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_lbl%2C%20_c%20in%20_legend_pairs%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ax.legend(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20handles%3D_handles%2C%20title%3D_legend_title%2C%20loc%3D%22upper%20right%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20frameon%3DTrue%2C%20fontsize%3D8%2C%20title_fontsize%3D9%2C%20ncol%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_ax.set_title(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Layout%3A%20%7Blayout_choice.value%7D%20%20%C2%B7%20%20n%3D%7Bg.vcount()%7D%2C%20m%3D%7Bg.ecount()%7D%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20plt.tight_layout()%0A%0A%20%20%20%20_controls%20%3D%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20layout_choice%2C%20color_choice%2C%20node_size%2C%20show_labels%2C%0A%20%20%20%20%5D%2C%20gap%3D0.8)%0A%20%20%20%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B_controls%2C%20_fig%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20widths%3D%5B0.9%2C%202.4%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20gap%3D1.5%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20align%3D%22start%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20section3_header(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20---%0A%20%20%20%20%23%23%203%20%C2%B7%20Measure%20it%20%E2%80%94%20averages%20and%20distributions%0A%0A%20%20%20%20Averages%20compress%20a%20lot%20of%20structure%20into%20a%20single%20number.%20Two%20networks%0A%20%20%20%20can%20share%20the%20same%20mean%20degree%20and%20look%20nothing%20alike%20%E2%80%94%20the%20**spread**%0A%20%20%20%20is%20where%20the%20story%20usually%20lives.%20The%20table%20on%20the%20left%20is%20the%0A%20%20%20%20snapshot%3B%20the%20histograms%20on%20the%20right%20are%20the%20spread%20(red%20dashed%20line%0A%20%20%20%20%3D%20the%20mean%2C%20the%20number%20that%20appears%20in%20the%20table).%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20s3_combined(ACCENT%2C%20g%2C%20mo%2C%20np%2C%20plt)%3A%0A%20%20%20%20%23%20---%20left%3A%20stats%20table%20---%0A%20%20%20%20_n%20%3D%20g.vcount()%0A%20%20%20%20_m%20%3D%20g.ecount()%0A%20%20%20%20_comps%20%3D%20g.connected_components()%0A%20%20%20%20_ncomp%20%3D%20len(_comps)%0A%20%20%20%20_density%20%3D%20g.density()%0A%20%20%20%20_avg_deg%20%3D%202%20*%20_m%20%2F%20_n%20if%20_n%20else%200.0%0A%20%20%20%20_trans%20%3D%20g.transitivity_undirected(mode%3D%22zero%22)%0A%20%20%20%20_avg_local%20%3D%20float(np.mean(g.transitivity_local_undirected(mode%3D%22zero%22)))%0A%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_assort%20%3D%20g.assortativity_degree(directed%3DFalse)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_assort%20is%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_assort%20%3D%20float(%22nan%22)%0A%20%20%20%20except%20Exception%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_assort%20%3D%20float(%22nan%22)%0A%20%20%20%20if%20g.is_connected()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_diam%20%3D%20g.diameter()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_avg_path%20%3D%20g.average_path_length()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_diam_note%20%3D%20%22%22%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_gc%20%3D%20_comps.giant()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_diam%20%3D%20_gc.diameter()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_avg_path%20%3D%20_gc.average_path_length()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_diam_note%20%3D%20f%22%20*(largest%20comp.)*%22%0A%0A%20%20%20%20def%20_fmt(x)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20isinstance(x%2C%20float)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20np.isnan(x)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22%E2%80%94%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20f%22%7Bx%3A.3f%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20str(x)%0A%0A%20%20%20%20_table%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Descriptor%20%7C%20Value%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C---%7C---%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Nodes%20(n)%20%7C%20%7B_n%7D%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Edges%20(m)%20%7C%20%7B_m%7D%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Avg.%20degree%20%E2%9F%A8k%E2%9F%A9%20%7C%20%7B_fmt(_avg_deg)%7D%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Density%20%7C%20%7B_fmt(_density)%7D%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Components%20%7C%20%7B_ncomp%7D%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Diameter%20%7C%20%7B_fmt(_diam)%7D%7B_diam_note%7D%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Avg.%20path%20%7C%20%7B_fmt(_avg_path)%7D%7B_diam_note%7D%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Global%20clustering%20%7C%20%7B_fmt(_trans)%7D%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Avg.%20local%20clustering%20%7C%20%7B_fmt(_avg_local)%7D%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Degree%20assortativity%20%7C%20%7B_fmt(_assort)%7D%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20---%20right%3A%20three%20distribution%20plots%20---%0A%20%20%20%20_degrees%20%3D%20np.array(g.degree())%0A%20%20%20%20_clust%20%3D%20np.array(g.transitivity_local_undirected(mode%3D%22zero%22))%0A%20%20%20%20_D%20%3D%20np.array(g.distances())%0A%20%20%20%20_D_flat%20%3D%20_D%5Bnp.isfinite(_D)%5D%0A%20%20%20%20_D_flat%20%3D%20_D_flat%5B_D_flat%20%3E%200%5D%0A%0A%20%20%20%20_fig%2C%20_axes%20%3D%20plt.subplots(1%2C%203%2C%20figsize%3D(11%2C%203.2))%0A%20%20%20%20_axes%5B0%5D.hist(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_degrees%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20bins%3Dmax(5%2C%20min(25%2C%20len(set(_degrees))))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color%3DACCENT%2C%20edgecolor%3D%22white%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_axes%5B0%5D.axvline(_degrees.mean()%2C%20color%3D%22%23c0223b%22%2C%20linestyle%3D%22--%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20linewidth%3D1.1%2C%20label%3Df%22%E2%9F%A8k%E2%9F%A9%3D%7B_degrees.mean()%3A.2f%7D%22)%0A%20%20%20%20_axes%5B0%5D.set_title(%22Degree%22%2C%20fontsize%3D11)%0A%20%20%20%20_axes%5B0%5D.set_xlabel(%22k%22)%0A%20%20%20%20_axes%5B0%5D.legend(frameon%3DFalse%2C%20fontsize%3D8)%0A%0A%20%20%20%20_axes%5B1%5D.hist(_clust%2C%20bins%3D15%2C%20color%3DACCENT%2C%20edgecolor%3D%22white%22)%0A%20%20%20%20_axes%5B1%5D.axvline(_clust.mean()%2C%20color%3D%22%23c0223b%22%2C%20linestyle%3D%22--%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20linewidth%3D1.1%2C%20label%3Df%22%E2%9F%A8C%E2%9F%A9%3D%7B_clust.mean()%3A.2f%7D%22)%0A%20%20%20%20_axes%5B1%5D.set_title(%22Local%20clustering%22%2C%20fontsize%3D11)%0A%20%20%20%20_axes%5B1%5D.set_xlabel(%22C_i%22)%0A%20%20%20%20_axes%5B1%5D.legend(frameon%3DFalse%2C%20fontsize%3D8)%0A%0A%20%20%20%20if%20len(_D_flat)%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_bins%20%3D%20np.arange(_D_flat.min()%2C%20_D_flat.max()%20%2B%202)%20-%200.5%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_axes%5B2%5D.hist(_D_flat%2C%20bins%3D_bins%2C%20color%3DACCENT%2C%20edgecolor%3D%22white%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_axes%5B2%5D.axvline(_D_flat.mean()%2C%20color%3D%22%23c0223b%22%2C%20linestyle%3D%22--%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20linewidth%3D1.1%2C%20label%3Df%22%E2%9F%A8d%E2%9F%A9%3D%7B_D_flat.mean()%3A.2f%7D%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_axes%5B2%5D.legend(frameon%3DFalse%2C%20fontsize%3D8)%0A%20%20%20%20_axes%5B2%5D.set_title(%22Shortest%20paths%22%2C%20fontsize%3D11)%0A%20%20%20%20_axes%5B2%5D.set_xlabel(%22d(i%2Cj)%22)%0A%0A%20%20%20%20for%20_ax%20in%20_axes%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ax.spines%5B%22top%22%5D.set_visible(False)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ax.spines%5B%22right%22%5D.set_visible(False)%0A%20%20%20%20plt.tight_layout()%0A%0A%20%20%20%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5Bmo.md(_table)%2C%20_fig%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20widths%3D%5B0.9%2C%202.6%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20gap%3D1.5%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20align%3D%22start%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20section4_header(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20---%0A%20%20%20%20%23%23%204%20%C2%B7%20Change%20it%20%E2%80%94%20watch%20the%20metrics%20react%0A%0A%20%20%20%20The%20best%20way%20to%20understand%20a%20metric%20is%20to%20break%20it.%20Start%20from%20the%0A%20%20%20%20active%20network%20and%20modify%20it.%20The%20original%20metrics%20stay%20on%20the%20left%3B%0A%20%20%20%20the%20modified%20ones%20update%20on%20the%20right%20as%20you%20move%20the%20sliders.%0A%0A%20%20%20%20Things%20to%20try%3A%0A%0A%20%20%20%20-%20**Rewire%20%25%20%E2%86%92%20100**%20turns%20the%20network%20into%20a%20random%20graph%20with%20the%0A%20%20%20%20%20%20same%20number%20of%20edges.%20Clustering%20and%20assortativity%20collapse%20toward%0A%20%20%20%20%20%20zero%2C%20and%20the%20path%20length%20usually%20shrinks%20(random%20shortcuts).%0A%20%20%20%20-%20**Edges%20%25**%20away%20from%20100%20adds%20or%20removes%20edges.%20Above%20100%20raises%0A%20%20%20%20%20%20density%20and%20shrinks%20diameter%3B%20well%20below%20100%20eventually%20breaks%20the%0A%20%20%20%20%20%20giant%20component%20apart.%0A%20%20%20%20-%20**Clustering%20bias**%20closes%20triangles%20(positive)%20or%20breaks%20them%0A%20%20%20%20%20%20apart%20(negative).%20Watch%20global%20clustering%20rise%20or%20fall.%0A%20%20%20%20-%20**Assortativity%20bias**%20does%20degree-preserving%20swaps%20that%20push%0A%20%20%20%20%20%20similar-degree%20nodes%20together%20(positive)%20or%20apart%20(negative).%20The%0A%20%20%20%20%20%20degree%20distribution%20stays%20the%20same.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20s4_reset(mo)%3A%0A%20%20%20%20reset_modify%20%3D%20mo.ui.run_button(label%3D%22%E2%86%BA%20Reset%20sliders%22)%0A%20%20%20%20return%20(reset_modify%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20s4_widgets(mo%2C%20reset_modify)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Depending%20on%20the%20reset%20button%20means%20a%20click%20re-runs%20this%20cell%2C%0A%20%20%20%20%23%20recreating%20the%20sliders%20at%20their%20default%20values.%0A%20%20%20%20reset_modify%0A%20%20%20%20rewire_pct%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%20stop%3D100%2C%20step%3D5%2C%20value%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Rewire%20%25%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_value%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20edges_pct%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%20stop%3D200%2C%20step%3D5%2C%20value%3D100%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Edges%20%25%20%20(100%20%3D%20unchanged)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_value%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20clustering_bias%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D-100%2C%20stop%3D100%2C%20step%3D10%2C%20value%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Clustering%20bias%20%20(%2B%20closes%20triangles%2C%20%E2%88%92%20breaks%20them)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_value%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20assort_bias%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D-100%2C%20stop%3D100%2C%20step%3D10%2C%20value%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Assortativity%20bias%20%20(degree-preserving%20swaps)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_value%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5Brewire_pct%2C%20edges_pct%2C%20clustering_bias%2C%20assort_bias%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gap%3D1.5%2C%20widths%3D%22equal%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Breset_modify%5D%2C%20justify%3D%22start%22)%2C%0A%20%20%20%20%5D%2C%20gap%3D0.5)%0A%20%20%20%20return%20assort_bias%2C%20clustering_bias%2C%20edges_pct%2C%20rewire_pct%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20s4_modify(%0A%20%20%20%20assort_bias%2C%0A%20%20%20%20clustering_bias%2C%0A%20%20%20%20edges_pct%2C%0A%20%20%20%20g%2C%0A%20%20%20%20ig%2C%0A%20%20%20%20rewire_pct%2C%0A%20%20%20%20rnd_mod%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%23%20All%20operations%20are%20seeded%20so%20the%20modified%20graph%20is%20deterministic.%0A%20%20%20%20_rng%20%3D%20rnd_mod.Random(20260519)%0A%20%20%20%20g_mod%20%3D%20g.copy()%0A%20%20%20%20_n%20%3D%20g_mod.vcount()%0A%20%20%20%20_orig_m%20%3D%20g.ecount()%0A%0A%20%20%20%20def%20_key(u%2C%20v)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20(u%2C%20v)%20if%20u%20%3C%20v%20else%20(v%2C%20u)%0A%0A%20%20%20%20%23%201)%20Rewire%20fraction%20of%20edges%20(keep%20one%20endpoint%2C%20randomize%20the%20other)%0A%20%20%20%20_p%20%3D%20rewire_pct.value%20%2F%20100.0%0A%20%20%20%20if%20_p%20%3E%200%20and%20g_mod.ecount()%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ids%20%3D%20list(range(g_mod.ecount()))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_rng.shuffle(_ids)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_n_rewire%20%3D%20int(_p%20*%20len(_ids))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_to_replace%20%3D%20sorted(_ids%5B%3A_n_rewire%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_to_replace%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_existing%20%3D%20set(_key(e.source%2C%20e.target)%20for%20e%20in%20g_mod.es)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_old_pairs%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(g_mod.es%5Bi%5D.source%2C%20g_mod.es%5Bi%5D.target)%20for%20i%20in%20_to_replace%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20g_mod.delete_edges(_to_replace)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_new_edges%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_u%2C%20_v%20in%20_old_pairs%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_keep%20%3D%20_u%20if%20_rng.random()%20%3C%200.5%20else%20_v%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_%20in%20range(40)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_w%20%3D%20_rng.randrange(_n)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_w%20!%3D%20_keep%20and%20_key(_keep%2C%20_w)%20not%20in%20_existing%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_existing.add(_key(_keep%2C%20_w))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_new_edges.append((_keep%2C%20_w))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20break%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_new_edges%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20g_mod.add_edges(_new_edges)%0A%0A%20%20%20%20%23%202)%20Target%20edge%20count%0A%20%20%20%20_target_m%20%3D%20int(_orig_m%20*%20edges_pct.value%20%2F%20100)%0A%20%20%20%20_target_m%20%3D%20max(0%2C%20min(_n%20*%20(_n%20-%201)%20%2F%2F%202%2C%20_target_m))%0A%20%20%20%20if%20_target_m%20%3C%20g_mod.ecount()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ids%20%3D%20list(range(g_mod.ecount()))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_rng.shuffle(_ids)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g_mod.delete_edges(_ids%5B%3Ag_mod.ecount()%20-%20_target_m%5D)%0A%20%20%20%20elif%20_target_m%20%3E%20g_mod.ecount()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_n_add%20%3D%20_target_m%20-%20g_mod.ecount()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_existing%20%3D%20set(_key(e.source%2C%20e.target)%20for%20e%20in%20g_mod.es)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_new_edges%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_attempts%20%3D%200%0A%20%20%20%20%20%20%20%20while%20len(_new_edges)%20%3C%20_n_add%20and%20_attempts%20%3C%20_n_add%20*%2040%20%2B%20500%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_u%20%3D%20_rng.randrange(_n)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_v%20%3D%20_rng.randrange(_n)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_u%20!%3D%20_v%20and%20_key(_u%2C%20_v)%20not%20in%20_existing%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_existing.add(_key(_u%2C%20_v))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_new_edges.append((_u%2C%20_v))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_attempts%20%2B%3D%201%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_new_edges%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20g_mod.add_edges(_new_edges)%0A%0A%20%20%20%20%23%203%2B4)%20Bias%20sliders%3A%20degree-preserving%20swaps%20(a%2Cb)(c%2Cd)%20-%3E%20(a%2Cc)(b%2Cd)%0A%20%20%20%20%23%20or%20(a%2Cd)(b%2Cc).%20They%20run%20on%20a%20plain%20edge%20list%20%2B%20neighbor%20sets%20and%20the%0A%20%20%20%20%23%20igraph%20object%20is%20rebuilt%20once%20at%20the%20end%3A%20pure-Python%20swaps%20are%0A%20%20%20%20%23%20~100x%20cheaper%20than%20igraph%20delete%2Fadd%20cycles%2C%20so%20the%20%2B%2F-100%20ends%20can%0A%20%20%20%20%23%20afford%20enough%20attempts%20to%20saturate%20(i.e.%20be%20properly%20extreme)%20even%0A%20%20%20%20%23%20in%20the%20browser.%20NOTE%3A%20never%20use%20Graph.are_adjacent()%20here%20%E2%80%94%20it%0A%20%20%20%20%23%20needs%20python-igraph%20%3E%3D%200.11%20and%20Pyodide%20(WASM)%20may%20ship%20an%20older%0A%20%20%20%20%23%20igraph.%20Set%20membership%20is%20faster%20anyway.%0A%20%20%20%20_cb%20%3D%20clustering_bias.value%0A%20%20%20%20_ab%20%3D%20assort_bias.value%0A%20%20%20%20if%20(_cb%20!%3D%200%20or%20_ab%20!%3D%200)%20and%20g_mod.ecount()%20%3E%3D%202%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_edges%20%3D%20%5B(e.source%2C%20e.target)%20for%20e%20in%20g_mod.es%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_nbrs%20%3D%20%5Bset()%20for%20_%20in%20range(_n)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_u%2C%20_v%20in%20_edges%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_nbrs%5B_u%5D.add(_v)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_nbrs%5B_v%5D.add(_u)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20def%20_swap_pass(n_ops%2C%20score_fn)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_m_now%20%3D%20len(_edges)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_%20in%20range(n_ops)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_i1%20%3D%20_rng.randrange(_m_now)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_i2%20%3D%20_rng.randrange(_m_now)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_i1%20%3D%3D%20_i2%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_a%2C%20_b%20%3D%20_edges%5B_i1%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_c%2C%20_d%20%3D%20_edges%5B_i2%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(%7B_a%2C%20_b%2C%20_c%2C%20_d%7D)%20%3C%204%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_curr%2C%20_opt1%2C%20_opt2%20%3D%20score_fn(_a%2C%20_b%2C%20_c%2C%20_d%2C%20_nbrs)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Highest%20score%20wins%3B%20ties%20stay%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_pick%20%3D%20max(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(_curr%2C%20None)%2C%20(_opt1%2C%20%22ac%22)%2C%20(_opt2%2C%20%22ad%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20key%3Dlambda%20t%3A%20t%5B0%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_pick%5B1%5D%20is%20None%20or%20_pick%5B0%5D%20%3C%3D%20_curr%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_pick%5B1%5D%20%3D%3D%20%22ac%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_c%20in%20_nbrs%5B_a%5D%20or%20_d%20in%20_nbrs%5B_b%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_e1%2C%20_e2%20%3D%20(_a%2C%20_c)%2C%20(_b%2C%20_d)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_d%20in%20_nbrs%5B_a%5D%20or%20_c%20in%20_nbrs%5B_b%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_e1%2C%20_e2%20%3D%20(_a%2C%20_d)%2C%20(_b%2C%20_c)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_nbrs%5B_a%5D.discard(_b)%3B%20_nbrs%5B_b%5D.discard(_a)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_nbrs%5B_c%5D.discard(_d)%3B%20_nbrs%5B_d%5D.discard(_c)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_u%2C%20_v%20in%20(_e1%2C%20_e2)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_nbrs%5B_u%5D.add(_v)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_nbrs%5B_v%5D.add(_u)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_edges%5B_i1%5D%20%3D%20_e1%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_edges%5B_i2%5D%20%3D%20_e2%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20def%20_bias_ops(bias_val)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20100%20-%3E%20~30%20sweeps%20over%20the%20edge%20list%20(at%20least%202000%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20attempts)%2C%20enough%20for%20the%20greedy%20swaps%20to%20converge%20on%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20small%20and%20medium%20networks%20alike.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20int(abs(bias_val)%20%2F%20100%20*%20max(2000%2C%2030%20*%20len(_edges)))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Clustering%20bias%20%E2%80%94%20swaps%20that%20maximise%2Fminimise%20triangle%20count.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_cb%20!%3D%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_tri_sign%20%3D%201%20if%20_cb%20%3E%200%20else%20-1%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20def%20_tri_score(a%2C%20b%2C%20c%2C%20d%2C%20nbrs_)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Score%3A%20number%20of%20triangles%20gained.%20Higher%20%3D%20more%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20clustering.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20lost%20%3D%20len(nbrs_%5Ba%5D%20%26%20nbrs_%5Bb%5D)%20%2B%20len(nbrs_%5Bc%5D%20%26%20nbrs_%5Bd%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gain_ac%20%3D%20len(nbrs_%5Ba%5D%20%26%20nbrs_%5Bc%5D)%20%2B%20len(nbrs_%5Bb%5D%20%26%20nbrs_%5Bd%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gain_ad%20%3D%20len(nbrs_%5Ba%5D%20%26%20nbrs_%5Bd%5D)%20%2B%20len(nbrs_%5Bb%5D%20%26%20nbrs_%5Bc%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%200%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_tri_sign%20*%20(gain_ac%20-%20lost)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_tri_sign%20*%20(gain_ad%20-%20lost)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_swap_pass(_bias_ops(_cb)%2C%20_tri_score)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Assortativity%20bias%20%E2%80%94%20pair%20high-degree%20with%20high-degree%20(%2B)%20or%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20high%20with%20low%20(%E2%88%92).%20The%20degree%20product%20over%20edges%20is%20the%20raw%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20ingredient%20of%20the%20assortativity%20correlation%2C%20so%20optimizing%20it%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20pushes%20the%20coefficient%20much%20further%20than%20a%20degree-difference%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20heuristic.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_ab%20!%3D%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_as_sign%20%3D%201%20if%20_ab%20%3E%200%20else%20-1%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_deg%20%3D%20%5Blen(_nbrs%5B_i%5D)%20for%20_i%20in%20range(_n)%5D%20%20%23%20swap-invariant%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20def%20_assort_score(a%2C%20b%2C%20c%2C%20d%2C%20nbrs_)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20curr%20%3D%20_deg%5Ba%5D%20*%20_deg%5Bb%5D%20%2B%20_deg%5Bc%5D%20*%20_deg%5Bd%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20o1%20%3D%20_deg%5Ba%5D%20*%20_deg%5Bc%5D%20%2B%20_deg%5Bb%5D%20*%20_deg%5Bd%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20o2%20%3D%20_deg%5Ba%5D%20*%20_deg%5Bd%5D%20%2B%20_deg%5Bb%5D%20*%20_deg%5Bc%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20_as_sign%20*%20curr%2C%20_as_sign%20*%20o1%2C%20_as_sign%20*%20o2%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_swap_pass(_bias_ops(_ab)%2C%20_assort_score)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_names_keep%20%3D%20list(g_mod.vs%5B%22name%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g_mod%20%3D%20ig.Graph(n%3D_n%2C%20edges%3D_edges%2C%20directed%3DFalse)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g_mod.vs%5B%22name%22%5D%20%3D%20_names_keep%0A%0A%20%20%20%20g_mod.simplify(multiple%3DTrue%2C%20loops%3DTrue)%0A%20%20%20%20return%20(g_mod%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20s4_view_opts(mo)%3A%0A%20%20%20%20relayout_check%20%3D%20mo.ui.checkbox(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Recompute%20layout%20for%20the%20modified%20network%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22(shows%20its%20real%20structure%3B%20node%20positions%20no%20longer%20match%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22the%20original)%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(relayout_check%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20s4_metrics_and_viz(%0A%20%20%20%20EDGE_COLOR%2C%0A%20%20%20%20NEUTRAL_NODE%2C%0A%20%20%20%20g%2C%0A%20%20%20%20g_mod%2C%0A%20%20%20%20ig%2C%0A%20%20%20%20layout_coords%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20np%2C%0A%20%20%20%20plt%2C%0A%20%20%20%20relayout_check%2C%0A%20%20%20%20rnd_mod%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20def%20_metrics(graph)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_n%20%3D%20graph.vcount()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_m%20%3D%20graph.ecount()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_density%20%3D%20graph.density()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_avg_deg%20%3D%202%20*%20_m%20%2F%20_n%20if%20_n%20else%200.0%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_trans%20%3D%20graph.transitivity_undirected(mode%3D%22zero%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ass%20%3D%20graph.assortativity_degree(directed%3DFalse)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_ass%20is%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ass%20%3D%20float(%22nan%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ass%20%3D%20float(%22nan%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20graph.is_connected()%20and%20_n%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_diam%20%3D%20graph.diameter()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_avg_path%20%3D%20graph.average_path_length()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ncomp%20%3D%201%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_comps%20%3D%20graph.connected_components()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ncomp%20%3D%20len(_comps)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_n%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_gc%20%3D%20_comps.giant()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_diam%20%3D%20_gc.diameter()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_avg_path%20%3D%20_gc.average_path_length()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_diam%20%3D%20float(%22nan%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_avg_path%20%3D%20float(%22nan%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20_n%2C%20_m%2C%20_avg_deg%2C%20_density%2C%20_ncomp%2C%20_diam%2C%20_avg_path%2C%20_trans%2C%20_ass%0A%0A%20%20%20%20_o%20%3D%20_metrics(g)%0A%20%20%20%20_md_vals%20%3D%20_metrics(g_mod)%0A%0A%20%20%20%20def%20_fmt(x)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20isinstance(x%2C%20float)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20np.isnan(x)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22%E2%80%94%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20f%22%7Bx%3A.3f%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20str(x)%0A%0A%20%20%20%20def%20_delta(a%2C%20b)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20isinstance(a%2C%20float)%20and%20np.isnan(a)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20isinstance(b%2C%20float)%20and%20np.isnan(b)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20abs(b%20-%20a)%20%3C%201e-9%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22%20%E2%86%91%22%20if%20b%20%3E%20a%20else%20%22%20%E2%86%93%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22%22%0A%0A%20%20%20%20_labels%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Nodes%22%2C%20%22Edges%22%2C%20%22Avg.%20degree%22%2C%20%22Density%22%2C%20%22Components%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Diameter%22%2C%20%22Avg.%20path%22%2C%20%22Global%20clustering%22%2C%20%22Assortativity%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20_lines%20%3D%20%5B%22%7C%20Metric%20%7C%20Original%20%7C%20Modified%20%7C%22%2C%20%22%7C---%7C---%7C---%7C%22%5D%0A%20%20%20%20for%20_name%2C%20_a%2C%20_b%20in%20zip(_labels%2C%20_o%2C%20_md_vals)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lines.append(f%22%7C%20%7B_name%7D%20%7C%20%7B_fmt(_a)%7D%20%7C%20%7B_fmt(_b)%7D%7B_delta(_a%2C%20_b)%7D%20%7C%22)%0A%20%20%20%20_table_md%20%3D%20mo.md(%22%5Cn%22.join(_lines))%0A%0A%20%20%20%20_fig%2C%20_ax%20%3D%20plt.subplots(figsize%3D(7.0%2C%205.5))%0A%20%20%20%20_ax.set_facecolor(%22white%22)%0A%20%20%20%20_ax.grid(False)%0A%20%20%20%20_ax.set_xticks(%5B%5D)%0A%20%20%20%20_ax.set_yticks(%5B%5D)%0A%20%20%20%20for%20_side%20in%20(%22top%22%2C%20%22right%22%2C%20%22bottom%22%2C%20%22left%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ax.spines%5B_side%5D.set_visible(False)%0A%20%20%20%20%23%20Node%20size%20%3D%20degree%2C%20so%20degree%20mixing%20(the%20assortativity%20sliders)%0A%20%20%20%20%23%20is%20visible%3A%20at%20%2B100%20the%20big%20nodes%20pair%20up%2C%20at%20%E2%88%92100%20big%20nodes%20sit%0A%20%20%20%20%23%20surrounded%20by%20small%20ones.%0A%20%20%20%20_deg_mod%20%3D%20np.array(g_mod.degree()%2C%20dtype%3Dfloat)%0A%20%20%20%20_max_deg%20%3D%20max(float(_deg_mod.max())%2C%201.0)%0A%20%20%20%20_sizes_mod%20%3D%20list(8%20%2B%2026%20*%20np.sqrt(_deg_mod%20%2F%20_max_deg))%0A%0A%20%20%20%20if%20relayout_check.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Fresh%20(seeded)%20layout%20of%20the%20modified%20topology%20%E2%80%94%20shows%20the%20new%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20structure%20honestly%2C%20at%20the%20cost%20of%20node%20correspondence.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rnd_mod.seed(20260519)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_mod_coords%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tuple(row)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20row%20in%20g_mod.layout_fruchterman_reingold(niter%3D500).coords%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_layout_note%20%3D%20%22fresh%20layout%22%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_mod_coords%20%3D%20layout_coords%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_layout_note%20%3D%20%22original%20positions%22%0A%0A%20%20%20%20ig.plot(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g_mod%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20target%3D_ax%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20layout%3D_mod_coords%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20vertex_color%3DNEUTRAL_NODE%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20vertex_size%3D_sizes_mod%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20vertex_frame_width%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20vertex_label%3D%5B%22%22%5D%20*%20g_mod.vcount()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20edge_color%3DEDGE_COLOR%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20edge_width%3D1.0%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_ax.set_title(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Modified%20network%20%20%C2%B7%20%20n%3D%7Bg_mod.vcount()%7D%2C%20m%3D%7Bg_mod.ecount()%7D%20%20%C2%B7%20%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22node%20size%20%3D%20degree%20%20%C2%B7%20%20%7B_layout_note%7D%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20plt.tight_layout()%0A%0A%20%20%20%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B_table_md%2C%20mo.vstack(%5Brelayout_check%2C%20_fig%5D%2C%20gap%3D0.4)%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20widths%3D%5B1.0%2C%201.4%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20gap%3D1.5%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20align%3D%22start%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20section5_header(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20---%0A%20%20%20%20%23%23%205%20%C2%B7%20Rank%20it%20%E2%80%94%20four%20definitions%20of%20*important*%0A%0A%20%20%20%20A%20%22central%22%20node%20is%20the%20one%20that%20matters%20most%20%E2%80%94%20but%20what%20*matters*%0A%20%20%20%20means%20depends%20on%20the%20question%20you're%20asking.%20Four%20classic%20answers%3A%0A%0A%20%20%20%20-%20**Degree**%20%E2%80%94%20most%20neighbours.%20Local%20influence.%0A%20%20%20%20-%20**Betweenness**%20%E2%80%94%20sits%20on%20the%20most%20shortest%20paths.%20A%20bridge.%0A%20%20%20%20-%20**Closeness**%20%E2%80%94%20short%20average%20distance%20to%20everyone%20else.%20A%0A%20%20%20%20%20%20well-placed%20observer.%0A%20%20%20%20-%20**Eigenvector**%20%E2%80%94%20connected%20to%20other%20well-connected%20nodes.%20Status%20by%0A%20%20%20%20%20%20association.%0A%0A%20%20%20%20Same%20graph%2C%20four%20pictures.%20The%20top-ranked%20node%20in%20each%20panel%20gets%20a%0A%20%20%20%20red%20ring%3B%20the%20table%20underneath%20lists%20the%20top%20three.%20Compare%20the%20four%0A%20%20%20%20%E2%80%94%20they%20usually%20disagree%2C%20and%20that%20disagreement%20*is*%20the%20lesson.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20s5_compute(g%2C%20np)%3A%0A%20%20%20%20def%20_safe(fn%2C%20fallback)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20v%20%3D%20np.array(fn()%2C%20dtype%3Dfloat)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20np.all(np.isfinite(v))%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20v%20%3D%20np.nan_to_num(v%2C%20nan%3D0.0%2C%20posinf%3D0.0%2C%20neginf%3D0.0)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20v%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20np.array(fallback%2C%20dtype%3Dfloat)%0A%0A%20%20%20%20def%20_eigenvector_safe()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20g.is_connected()%20or%20g.vcount()%20%3D%3D%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20g.eigenvector_centrality()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_comps%20%3D%20g.connected_components()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_gc_ids%20%3D%20max(_comps%2C%20key%3Dlen)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_gc%20%3D%20g.subgraph(_gc_ids)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_vals%20%3D%20_gc.eigenvector_centrality()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_out%20%3D%20%5B0.0%5D%20*%20g.vcount()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_i%2C%20_node%20in%20enumerate(_gc_ids)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_out%5B_node%5D%20%3D%20_vals%5B_i%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20_out%0A%0A%20%20%20%20centralities%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Degree%22%3A%20np.array(g.degree()%2C%20dtype%3Dfloat)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Betweenness%22%3A%20_safe(lambda%3A%20g.betweenness()%2C%20%5B0%5D%20*%20g.vcount())%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Closeness%22%3A%20_safe(lambda%3A%20g.closeness()%2C%20%5B0%5D%20*%20g.vcount())%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Eigenvector%22%3A%20_safe(_eigenvector_safe%2C%20%5B0%5D%20*%20g.vcount())%2C%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20fr_coords%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tuple(row)%20for%20row%20in%20g.layout_fruchterman_reingold(niter%3D500).coords%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20return%20centralities%2C%20fr_coords%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20s5_grid(EDGE_COLOR%2C%20centralities%2C%20fr_coords%2C%20g%2C%20ig%2C%20mo%2C%20np%2C%20plt)%3A%0A%20%20%20%20import%20matplotlib%20as%20_mpl%0A%0A%20%20%20%20_measures%20%3D%20%5B%22Degree%22%2C%20%22Betweenness%22%2C%20%22Closeness%22%2C%20%22Eigenvector%22%5D%0A%20%20%20%20%23%20afmhot_r%3A%20light%20%E2%86%92%20dark%20as%20t%20increases.%20We%20sample%2010%20evenly-spaced%0A%20%20%20%20%23%20tones%20avoiding%20pure%20white%20at%20one%20end%20and%20pure%20black%20at%20the%20other%2C%0A%20%20%20%20%23%20so%20the%20highest%20decile%20is%20dark%20and%20the%20lowest%20is%20pale.%0A%20%20%20%20_cmap_src%20%3D%20plt.get_cmap(%22afmhot_r%22)%0A%20%20%20%20_decile_colors%20%3D%20%5B_cmap_src(0.05%20%2B%20i%20*%200.10)%20for%20i%20in%20range(10)%5D%0A%20%20%20%20_listed%20%3D%20_mpl.colors.ListedColormap(_decile_colors)%0A%20%20%20%20_norm%20%3D%20_mpl.colors.BoundaryNorm(np.arange(11)%20-%200.5%2C%2010)%0A%0A%20%20%20%20_names%20%3D%20g.vs%5B%22name%22%5D%0A%20%20%20%20_show_labels%20%3D%20g.vcount()%20%3C%3D%2030%0A%0A%20%20%20%20_fig%2C%20_axes%20%3D%20plt.subplots(2%2C%202%2C%20figsize%3D(10%2C%209.0)%2C%20constrained_layout%3DTrue)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Discrete%20colour-bar%20legend%20ABOVE%20the%20grid.%0A%20%20%20%20_sm%20%3D%20_mpl.cm.ScalarMappable(cmap%3D_listed%2C%20norm%3D_norm)%0A%20%20%20%20_sm.set_array(%5B%5D)%0A%20%20%20%20_cbar%20%3D%20_fig.colorbar(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sm%2C%20ax%3D_axes.ravel().tolist()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20orientation%3D%22horizontal%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20location%3D%22top%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20shrink%3D0.6%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20aspect%3D40%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ticks%3Dnp.arange(10)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_cbar.set_ticklabels(%5Bstr(i%20%2B%201)%20for%20i%20in%20range(10)%5D%2C%20fontsize%3D9)%0A%20%20%20%20_cbar.set_label(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Centrality%20decile%20%E2%80%94%20D1%20lowest%20(light)%20%E2%86%92%20D10%20highest%20(dark)%2C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22computed%20per%20panel%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fontsize%3D10%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20for%20_ax%2C%20_name%20in%20zip(_axes.flat%2C%20_measures)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_c%20%3D%20np.asarray(centralities%5B_name%5D%2C%20dtype%3Dfloat)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20np.any(_c%20!%3D%20_c%5B0%5D)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_bins%20%3D%20np.percentile(_c%2C%20np.arange(10%2C%20100%2C%2010))%20%20%23%209%20cut-points%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_bin_idx%20%3D%20np.digitize(_c%2C%20_bins)%20%20%23%200..9%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_bin_idx%20%3D%20np.zeros(len(_c)%2C%20dtype%3Dint)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_colors%20%3D%20%5B_decile_colors%5Bint(b)%5D%20for%20b%20in%20_bin_idx%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ax.set_facecolor(%22white%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ax.grid(False)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ax.set_xticks(%5B%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ax.set_yticks(%5B%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_side%20in%20(%22top%22%2C%20%22right%22%2C%20%22bottom%22%2C%20%22left%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ax.spines%5B_side%5D.set_visible(False)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ig.plot(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20g%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20target%3D_ax%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20layout%3Dfr_coords%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20vertex_color%3D_colors%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20vertex_size%3D14%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20vertex_frame_width%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20vertex_label%3D_names%20if%20_show_labels%20else%20%5B%22%22%5D%20*%20g.vcount()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20vertex_label_size%3D8%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20edge_color%3DEDGE_COLOR%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20edge_width%3D0.9%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_top%20%3D%20int(np.argmax(_c))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_x%2C%20_y%20%3D%20fr_coords%5B_top%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ax.scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B_x%5D%2C%20%5B_y%5D%2C%20s%3D380%2C%20facecolors%3D%22none%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20edgecolors%3D%22%23c0223b%22%2C%20linewidths%3D2.2%2C%20zorder%3D10%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ax.set_title(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7B_name%7D%20%20%C2%B7%20%20top%3A%20%7B_names%5B_top%5D%7D%20(%7B_c%5B_top%5D%3A.3g%7D)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fontsize%3D11%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B_fig%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20s5_top3(centralities%2C%20g%2C%20mo%2C%20np)%3A%0A%20%20%20%20_names%20%3D%20g.vs%5B%22name%22%5D%0A%20%20%20%20_lines%20%3D%20%5B%22%7C%20Centrality%20%7C%201st%20%7C%202nd%20%7C%203rd%20%7C%22%2C%20%22%7C---%7C---%7C---%7C---%7C%22%5D%0A%20%20%20%20for%20_name%20in%20%5B%22Degree%22%2C%20%22Betweenness%22%2C%20%22Closeness%22%2C%20%22Eigenvector%22%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_c%20%3D%20centralities%5B_name%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_order%20%3D%20np.argsort(-_c)%5B%3A3%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_top%20%3D%20%22%20%7C%20%22.join(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7B_names%5Bi%5D%7D%20(%7B_c%5Bi%5D%3A.3g%7D)%22%20for%20i%20in%20_order%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lines.append(f%22%7C%20%7B_name%7D%20%7C%20%7B_top%7D%20%7C%22)%0A%20%20%20%20mo.md(%22%5Cn%22.join(_lines))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20footer(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20---%0A%20%20%20%20Javier%20Garcia-Bernardo%20%E2%80%94%20SoDa%20%26%20Utrecht%20University%20%C2%B7%0A%20%20%20%20Network%20Science%20Summer%20School%202026%20%C2%B7%20Utrecht%20University%20%C2%B7%0A%20%20%20%20standalone%20marimo%20companion%20app.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A